Godzilla telah menjadi kenangan bagi Jepang ketika kehancuran kapal selam AS menimbulkan kekhawatiran bagi Laksamana Tachibana. Putrinya yang terasing, Yuri, menyelidiki legenda monster penjaga, yang harus bangkit untuk melindungi Jepang dari roh dendam dalam Godzilla yang berusaha menghancurkan bangsa dan rakyatnya atas penderitaan yang mereka timbulkan dalam konflik Pasifik.