Sekelompok ninja misterius melakukan serangan mendadak ke Konohagakure, yang menimbulkan kerusakan besar. Mimpi buruk Perang Dunia Shinobi lainnya bisa menjadi kenyataan. Sasuke, yang masih menjadi ninja hilang dari Konoha yang mencoba membunuh saudaranya, Itachi, muncul untuk kedua kalinya di depan Naruto di lokasi yang tidak diketahui untuk mencegah hal itu terjadi.