Kenshin telah menjalani kehidupan barunya bersama Kaoru dan teman-temannya yang lain ketika dia didekati dengan permintaan dari pemerintahan Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh seperti Kenshin, dikhianati, dibakar, dan dibiarkan mati. Dia selamat, dan sekarang berada di Kyoto, berkomplot dengan para prajurit yang berkumpul untuk menggulingkan pemerintahan baru. Bertentangan dengan keinginan Kaoru, Kenshin dengan enggan setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu menjaga negaranya agar tidak terjerumus kembali ke dalam perang saudara.