Dua tahun setelah peristiwa Perang Besar Ninja Keempat, bulan yang diciptakan Hagoromo Otsutsuki sejak lama untuk menyegel Patung Gedo mulai turun menuju dunia, mengancam akan menjadi meteor yang akan menghancurkan segala sesuatu yang terkena dampaknya. Di tengah krisis ini, keturunan langsung Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki mencoba menculik Hinata Hyuga namun akhirnya menculik adik perempuannya Hanabi. Naruto dan sekutunya kini melakukan misi penyelamatan sebelum menemukan diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib segalanya.